В мире шиноби мы будем часто использовать этот термин, а потому дадим ему доступное любому объяснение.
Для начала, тело человека состоит из множества точек, объединенных между собой своеобразной системой - неким круговоротом энергии духовной и умственной. Если каким-либо образом разомкнуть ее (техники, действующие на конкретные точки), то шиноби не сможет использовать эту энергию, высвобождать ее, а значит, окажется в весьма невыгодном положении. Более того, такие травмы круговорота ведут к серьезной потере физических сил, а иногда даже приводят к смерти.
Наверное, вы уже догадались, что сумма всех энергий шиноби зовется его чакрой. Самое главное отличие ниндзя от простого человека в том, что он умеет правильно ее направлять и использовать, начиная обучение с самых элементарных основ. Например, концентрируя чакру в ступнях, даже геннин способен ходить по деревьям. Чем больше опыта у шиноби, тем сильнее становится его чакра, тем мощнее получаются техники. Однако чакра не бесконечна, бесконтрольное ее использование может привести к опустошению круговорота энергии и, как результат, к не способности использовать чакру какое-то время, бессилию, потере сознания, прочим физическим недугам, в том числе и к смерти. Известно, что чакра крайне необходима для техник ниндзюцу, не менее важна при использовании гендзюцу, и может повысить эффективность приемов тайдзюцу. Как правило, чтобы совершить какой-либо удар, шиноби собирает большое количество чакры в том месте, которое будет "двигателем" техники. Например, частый случай - ниндзя концентрирует чакру в ладонях и выпускает ее в нужной ему траектории. Не менее важный момент в том, что использующий должен точно знать, что он хочет получить, ведь, напомним, чакра это совокупность энергий, в которую входит и умственная. То есть, просто так, по наитию, ничего не происходит.
Еще одной особенностью чакры является ее видовое разветвление. Шиноби может иметь только один вид чакры, большинство его техник будет отталкиваться именно от него. Остальная же часть может быть связанной с другими видами, однако развивать их будет крайне тяжело. Итак, существует 5 видов:

Огонь/Katon/Катон
Ветер/Futon/Футон
Молния/Raiton/Райтон
Земля/Doton/Дотон
Вода/Suiton/Суитон

Существует еще 2 дополнительных вида чакры, получающихся в результате одновременного использования двух элементов, но такие случаи крайне редки и должны нести под собой генетическое объяснение (Кеккей Генкай):

Дерево/Mokuton/Мокутон - Земля + Вода.
Лед/Hioton/Хиотон - Ветер + Вода.

Не стоит забывать, что огонь будет сильнее ветра, ветер - молнии, обладателю чакры элемента молнии будет проще победить землю, земле - воду, ну а вода, в свою очередь, берет верх над огнем.